مقبره ستی فاطمه همواره مورد توجه ادوار مختلف بوده و در قبل از دوران صفوی و در دوران صفوی دارای اهمیت زیادی بوده است. در زمان فتحعلی شاه قاجار، محمد علی خان از وابستگان حاج محمد حسین صدر اصفهانی، تجدید بنای این مقبره را بر عهده گرفت.
ساختمان صحن و بقعه ستی فاطمه به زمان صفویه مربوط می شود. در داخل بقعه ستی فاطمه و در اطراف گنبد اشعاری با خط نستعلیق سفید بر زمینه لاجوردی به چشم میخورد که تاریخ آن ۱۲۴۲ هجری و زمان فتحعلیشاه قاجار است.
امامزاده ستی فاطمه، مقبره و ضریح دارد. ساختمان صحن و بقعه آن از دوره صفویه به یادگار مانده است که شامل مقبره کوچکی است که داخل آن با گچ بری و نقاشی روی گچ و ازاره مرمری و سطح بیرونی آن با کاشیکاری تزیین شده است.