آرامگاه امامزاده سید جعفر واقع در شهر یزد در استان یزد یکی از جاذبه های مذهبی این استان است که گردشگران زیادی را به خود جذب می کند. بارگاه مطهر این امامزاده در محله مصلای عتیق شهر یزد واقع گردیده و یکی از مهم ترین زیارتگاه های مردم یزد می باشد. نسب ایشان به امام جعفر صادق (ع) می رسد و در سال ۴۲۴ هجری قمری در این شهر وفات یافته اند.
امامزاده جعفر در نزدیکی دروازه قرآن یزد و مدخل ورودی شهر یزد قرار دارد و با چشم اندازی زیبا، فضای معنوی خاصی را به منطقه داده است. این امامزاده با فضای نسبتاً بزرگ و موقعیت بسیار جالب از مسافتی دور نظر هر بیننده ای را به خود جلب می نماید. صحن ورودی بقعه، آرامگاه تعدادی از شهیدان همیشه جاوید انقلاب اسلامی است که صفایی ویژه به این مکان بخشیده است.
تاکنون درباره نسب شریف این امامزاده تحقیق مهمی صورت نگرفته و حتی اسناد ایرج افشار با جمله «در این امامزاده هیچ نوع اثر مکتوب که دال بر قدمت زمان و نسب صاحب قبر باشد دیده نشد»، از آن گذشته است. در سال ۱۳۵۷ هجری شمسی پس از درخواست هیات امنا از نگارنده نسب شریف این بزرگوار از کتب معتبر انساب استخراج شد و بعدها در کتاب های محلی انعکاس یافت. از جمله ی آن، مولف کتاب بارگاه آفتاب می نویسد: اخیرا موسسه مطالعات و پژوهش های اسلامی در تحقیقی جدید، سید جعفر محمد را فزرند ابوجعفر محمد و محل قبر وی را در یزد در کنار بلوار جمهوری اسلامی ذکر نموده است. در دانشنامه مشاهیر یزد نیز نوشته شده امامزاده سید جعفر محمد فرزند ابوالحسن علی و نوه امامزاده جعفر معروف به سید جعفر در اواخر سده چهارم به دنیا آمد. نسبش با شش واسطه به امام جعفر صادق علیه السلام می رسد. برخی وی را از نوادگان امام سجاد در سده یازدهم هجری قمری می دانند. او در نیمه دوم سده پنجم هجری قمری در گذشت.
حرم و بارگاه با شکوه امامزاده سید جعفر محمد با امکانات مناسب مورد توجه و عنایت زائران و مسافران مشتاق است. دو شبستان قرینه شرقی و غربی مسجد که با گنبدی بسیار بزرگ و جدید الاحداث متصل به حرم مطهر گردیده و آن را به صورت نگینی در بر گرفته است. به لحاظ تنوع رنگ کاشی ها و ویژگی های ممزوج بودن کاشی و آجر سفال در ساختمان آن که بر اساس طرح جامع و نظر دفتر فنی سازمان مرکزی اوقاف و اداره کل اوقاف و امور خیریه استان یزد و همکاری مداوم هیئت امنا امامزاده از محل کمک های مردمی و نذورات امامزاده به دست پر توان معماران اصیل یزدی به سبک سنتی بنا شده و اخیراً اتمام گردیده است، در ایران عزیز اسلامی کم نظیر و منحصر به فرد می باشد که شکوه و زیبایی بقعه را کامل نموده است. این مکان مقدس دارای ضریح طلا و یک گنبد به قطر ۹ متر و ارتفاع ۲۵ متر است که نمای داخلی گنبد آینه کاری و نمای خارجی آن کاشی کاری است تزیینات داخلی آن بنا شامل: سر در، ایوان، کاشیکاری، مقرنس کاری و آینه کاری است.
کتیبه ایی با خط ثلث نیز در آن موجود است. تاریخ احداث بقعه سال ۵۷۵ هجری قمری و تاریخ بازسازی آن سال ۱۳۵۴ هجری شمسی و مساحت فعلی اعم از زمین و ساختمان جمعا ۵۸,۲۶۰ متر مربع می باشد.
امروزه این مکان زیارتگاه پاکدلان و عاشقان بسیاری است که از گوشه و کنار این مملکت به زیارت مرقد مطهرش می آیند. از نکات مهم امامزاده سید جعفر محمد (ع) این است که از قدیم الایام اکثریت مسافران در هنگام ورود و خروج از شهر و مخصوصاً مردم در روزهای تعطیل و ایام مذهبی جهت دعا و نیایش و گذران تعطیلات با عشقی عجیب به زیارتش مشرف شده قصد حاجت کرده و نذور خود را به آستان مقدسش تقدیم می کنند.
